SMK Tun Syed Zahiruddin merupakan sebuah sekolah menengah baharu dalam dae-rah Jasin yang telah dibuka pada awal tahun 2011 bertempat di Kampung Ayer Tawar, Merlimau, Melaka. Penubuhan sekolah ini adalah rentetan daripada kepadatan bilangan murid di sekolah-sekolah menengah berhampiran seperti SMK Dato’ Abdul Rahman Ya’kub dan SMK Dang Anum. Sekolah ini mula dibina pada tahun 2008 dengan kos pembinaan sebanyak RM28 juta di bawah RMK Ke-10 dan siap sepenuhnya pada 1 November 2010. Ia dibina di kawasan seluas 25 ekar meliputi 15 ekar kawasan bangunan pendidikan dan kemudahan prasarana yang lain.

Pada asalnya, sekolah ini telah dinamakan sebagai SMK Ayer Tawar sempena dengan nama kawasan ia didirikan. Namun, nama sekolah ini telah ditukar kepada SMK Tun Syed Zahiruddin sebagai mengenang jasa Yang Di-Pertua Negeri Melaka yang ke 4 iaitu Tun Syed Zahiruddin bin Syed Hassan.

SMK Tun Syed Zahiruddin memulakan sesi persekolahan yang pertama pada 3 Januari 2011. Jumlah murid seramai 330 orang terdiri daripada murid tingkatan 1, 2 dan 4 (19% murid Melayu, 8% murid Cina dan 1% murid India) dan guru seramai 25 orang (10 guru lelaki dan 15 guru perempuan) serta 3 orang staf.

Pada tahun 2011, pihak sekolah telah membuka 11 buah kelas terdiri daripada 4 buah kelas tingkatan 1, 4 buah kelas tingkatan 2 dan 3 buah kelas tingkatan 4. Menjelang tahun 2012 pula, pihak sekolah menambah bukaan kelas kepada 7 buah kelas lagi terdiri daripada kelas tingkatan 3 dan 5. Seterusnya pada tahun 2015 kelas tingkatan 1, 2, dan 3 telah dibuka sepenuhnya sebanyak 12 buah kelas terdiri dari 4 buah setiap tingkatan. Manakala tingkatan 4 sebanyak 5 buah kelas dengan penambahan mata pelajaran elektif iaitu Lukisan Kejuruteraan dan tingkatan 5 pula sebanyak 5 buah kelas.

Sekolah ini telah diterajui oleh tiga orang pengetua semenjak penubuhannya pada tahun 2011, iaitu Tuan Haji Mat johan Bin Jahis dari tahun 2011-2017, Pn. Hajah Nor Afzan Binti Mat Salleh dari Mac 2017—1 Disember 2019 manakala bermula 2 Disember 2019 hingga sekarang, sekolah ini diterajui oleh Tn. Haji Johan Bin Othman. Pada tahun 2018, sekolah ini telah melalui transformasi terkini kerana mempunyai tiga aliran iaitu aliran Per-dana, aliran Pendidikan Khas dan aliran Tingkatan 6 yang mula beroperasi pada Januari 2018 merangkumi sebanyak 18 kelas iaitu Tingkatan 6 Rendah dan 6 Atas yang terdiri da-ripada dua aliran iaitu aliran Sains dan Aliran Kemanusiaan.

Kemasukan pelajar Tingkatan 6 bermula pada 2 Januari 2018 merupakan pelajar aliran sains sosial SMK Datuk Abdul Rahman Ya’akub dan pelajar aliran sains SMK Dang Anum. Operasi kelas tingkatan 6 dari kedua-dua sekolah tersebut telah ditamatkan sepenuhnya mulai tahun 2018. Sekolah telah mengalami pertambahan tenaga pengajar seramai 30 orang dengan kemasukan pelajar tersebut. Pada 2 Januari 2019, sekolah ini menerima kemasukan pelajar dan guru tingkatan enam aliran sains sosial dari SMK Seri Mahkota yang melibatkan seramai 28 orang pelajar dan 10 orang tenaga pengajar. Berikutan itu, jumlah tenaga pengajar terkini di sekolah ini adalah seramai 82 orang. Manakala bilangan kelas tingkatan 6 pula telah bertambah daripada 12 buah kelas ( 2018 ) kepada 16 buah kelas ( 2019 ).

Kelas-kelas aliran perdana telah dikurangkan daripada 22 buah kelas pada tahun 2015 kepada 17 buah kelas pada tahun 2019 dengan kemasukan pelajar tingkatan 6 tersebut. Hal ini berikutan daripada pengambilan pelajar tingkatan 1 telah dikurangkan daripada 4 kelas kepada 2 kelas mulai tahun 2018. Selain itu, terdapat juga 3 kelas PPKI (Pendidikan Khas) di sekolah ini. Secara keseluruhannya, jumlah kelas yang terdapat di sekolah ini adalah sebanyak 36 buah kelas. Dari segi mata pelajaran elektif, sekolah ini menawarkan 2 mata pelajaran elektif KSSM untuk pelajar-pelajar tingkatan 1 hingga 3 iaitu ASK dan RBT. Manakala untuk tingkatan 4 dan 5 pula, subjek elektif yang ditawarkan ialah Fizik, Kimia, Biologi, Matematik Tambahan, Prinsip Perakaunan, SRT/GKT, Perniagaan, Ekonomi, Geografi dan Pendidikan Seni Visual.

Pada tahun 2013, SMK Tun Syed Zahiruddin telah diberikan fasiliti surau baru yang diberi nama Surau An-Najihin yang bermaksud kejayaan .Struktur bangunan surau ini agak unik kerana didirikan tanpa menggunakan sebarang paku, namun tetap kukuh hingga ke hari ini dan tersergam indah di perkarangan SMK Tun Syed Zahiruddin. Pada penghujung sesi persekolahan tahun 2017, sekolah ini telah mula membuat renovasi terhadap Surau An-Najihin iaitu penambahan tempat wuduk serta soyok bagi tujuan keselesaan dan keselamatan pelajar. Seterusnya pada tahun 2018, Kelab Kebajikan Guru dan Staf telah mengambil satu inisiatif dengan membina 16 lot parkir berbayar bagi keselesaan guru-guru. 2 lot daripadanya dibayar oleh Kelab Kebajikan Guru dan Staf , manakala 14 lot lagi dibayar oleh guru-guru tingkatan 6.

Selain daripada kemudahan prasarana yang lengkap sekolah ini juga telah dihiasi dengan mural-mural yang menarik hasil daripada usaha gigih guru-guru dan para pelajar. Sesungguhnya, landskap sekolah ini juga telah diperindahkan dari semasa ke semasa dengan pelbagai bunga yang cantik menjadikan suasana pengajaran dan pembelajaran begitu kondusif dan menarik.

Diharapkan sekolah ini akan terus maju dan bakal melahirkan modal insan yang berguna dan cemerlang, gemilang dan terbilang selaras dengan Falsafah Pendidikan Kebangsaan me-lahirkan insan yang seimbang dari segi Jasmani, Emosi, Rohani dan Intelektual.